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●研究人員著作 　　

專書
  1. 石璋如、劉益昌，《大馬璘》（台北：中央研究院歷史語言研究所專刊89，1987）。
  2. 《台灣的考古遺址》（台北：台北縣立文化中心，1992）。
  3. 《宜蘭縣大竹圍遺址初步調查報告》，宜蘭文獻叢刊2（宜蘭：宜蘭縣立文化中心，1993）。
  4. 劉益昌、林俊全、劉得京，《史前文化》（台東：交通部觀光局東部海岸風景特定區管理處，1993）。
  5. 黃士強、劉益昌，《台東縣東河橋南北引道考古遺址搶救與評估》，台灣大學考古人類學專刊19（台北：台灣大學，1993）。
  6. 《台灣的史前文化與遺址》（南投：台灣省文獻委員會，1996）。
  7. 劉益昌、陳玉美，《高雄縣史前歷史與遺址》，高雄縣文獻叢書系列3（鳳山：高雄縣政府，1997）。
  8. 《存在的未知——臺中地區的考古遺址與史前文化》（豐原：臺中縣立文化中心，1999.6）。
  9. 詹素娟、劉益昌，《大臺北都會區原住民歷史專輯——凱達格蘭調查報告》（臺北：臺北市文獻委員會，1999.9）。
  10. 《又見大馬璘—1996年大馬璘遺址出土資料整理報告》，埔里：展顏文化事業工房。（2000.7）
  11. 臧振華、劉益昌，《十三行遺址搶救與初步研究》（板橋：臺北縣政府文化局，2001.11）。
  12. 《淡水河口的史前居民》（八里：臺北縣立十三行博物館籌備處，2002）。
  13. 《臺灣原住民史──史前篇》（臺北：國史館臺灣文獻館編印，2002）。
  14. 《西大墩窯的故事》，埔里：台灣打里摺文化協會，2007.9。

學位論文

      1. 臺北縣樹林鎮狗蹄山遺址，（臺灣大學人類學研究所碩士論文，1982）。
　

論文

  1. 台灣北部地區史前文化概略，《台灣風物》33，2（1983），頁115-122。
  2. 高雄市史前文化概述，《高雄文獻》23/24（1984），頁1-29。
  3. 屏東縣埔姜山遺址調查報告，《台灣省立博物館年刊》28（1985），頁1-26。
  4. 苗栗縣三櫃坑遺址試掘報告，《歷史語言研究所集刊》57，2（1986），頁351-410。
  5. 臺南縣七股鄉番仔塭遺址，《臺灣史田野研究室通訊》13（1989），頁37-39。
  6. 花蓮縣秀林鄉崇德遺址，《田野考古》1，1（1990），頁37-50。
  7. 臧振華、劉益昌、朱正宜，台灣北海岸新發現的萬里加投遺址──兼述鄰近的龜子山遺址，《田野考古》1，1（1990），頁27-36。
  8. 台東縣東河鄉漁橋、奇觀及新橋遺址，《田野考古》1，2（1990），頁32-59。
  9. 台北縣金山鄉龜子山遺址出土的新資料，《田野考古》1，2（1990），頁60-70。
  10. 苗栗縣三義鄉三櫃地區史前遺址調查報告，《田野考古》2，2（1991），頁73-91。
  11. 試論鳳鼻頭文化的性質與卑南文化的年代，宋文薰、李亦園、許倬雲、張光直主編，《考古與歷史文化──慶祝高去尋先生八十大壽論文集》（台北：正中書局，1991），頁327-341。
  12. 台北縣土城鄉土地公山、斬龍山遺址試掘報告，《田野考古》3，1（1992），頁21-57。
  13. 臧振華、高有德、劉益昌，左營清代鳳山縣舊城聚落的試掘，《歷史語言研究所集刊》64，3（1993），頁763-865。
  14. 聚落保存的另一個問題：從考古學的立場談起，《第五次古蹟修復技術研討會專輯》（台北：行政院文化建設委員會，1993），頁123-133。
  15. 綠島史前文化概說，吳敦善編，《宋文薰與台東》（台東，1994），頁24-35。
  16. 核四及鄰近地區史前遺址及其文化，《凱達格蘭族文化資產保存──搶救核四廠遺址與番仔山古蹟──研討會專刊》（台北：台北縣立文化中心，1995），頁70-92。
  17. 宜蘭史前文化的類型，褚錦婷編，《宜蘭研究第一屆學術研討會論文集》（宜蘭：宜蘭縣立文化中心，1995），頁38-56。
  18. 臺灣北部沿海地區史前時代晚期文化的分佈，潘英海編，《台灣平埔族群研究學術論文集》（台北：中央研究院台灣史研究所籌備處，1995），頁2-16。
  19. 史前文化與原住民關係初步探討，《台灣風物》45，3（1995），頁75-98。
  20. 新竹市志 土地志 史前遺址篇，《新竹市志》第五篇（新竹：新竹市政府，1996），頁350-376。
  21. 臺灣的考古遺址，張炎憲等編，《臺灣史論文精選（上）》（臺北：玉山出版社，1996.9），頁29-42。
  22. 劉益昌、潘常武，淡水鎮土地公崙遺址貝塚斷面處理報告，《田野考古》5，2(1997)，頁65-75。
  23. 劉益昌、潘英海，區域研究在平埔族群研究上的意義，劉益昌、潘英海編，《平埔族群的區域研究論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998），頁1- 4。
  24. 劉益昌，〈再談臺灣北、東部地區的族群分佈〉，劉益昌、潘英海編，《平埔族群的區域研究論文集》（南投：臺灣省文獻委員會，1998），頁1-28。
  25. 高宮廣衛、宋文薰、劉益昌，台灣中部南投縣における先史遺址の調查（概要），《南島文化》20（1998.3），頁1-24。
  26. 台灣西南平原地區史前時代晚期文化的探討，《台灣原住民歷史文化學術研討會論文集》（南投市：台灣省文獻委員會，1998.5），頁1-22。
  27. 人與土地的歷史——正視方志史部分，許雪姬、林玉茹編，《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，1999），頁117-158。
  28. 臺灣史的另類看法—考古學的觀點，《「宜蘭研究」第三屆學術研討會論文集》（宜蘭：宜蘭縣立文化中心、宜蘭縣史館，2000.8），頁5-16。
  29. 台灣の先史文化及び南島民族：考古學の觀點，《東南アジア考古学》20：1-16，2000。
  30. 台灣東部麒麟文化初步探討，《東台灣研究》5：71-103（2000.12）。
  31. 台灣考古研究的課題與省思，《學術史與方法學的省思》，中央研究院歷史語言研究所會議論文集之六，（台北：中央研究院歷史語言研究所，2000.12），頁249-262。
  32. 詹素娟、潘英海主編，考古學與平埔族群研究，《平埔族群與台灣歷史文化論文集》，（台北：中央研究院台灣史研究所籌備處，2001.8），頁186-203。
  33. 臺灣史前文化層序研究的省思，《石璋如院士百歲祝壽論文集》（臺北：南天書局，2002），頁349-362。
  34. 臺灣玉器流行年代及其相關問題，臧振華主編「第三屆國際漢學會議歷史組論文集」，《史前與古典文明》（臺北：中央研究院歷史語言研究所，出版中）。
  35. 劉益昌、郭素秋，戴瑞春，台北市社子遺址試掘報告，《田野考古》7，1/2（2002），頁45-82。
  36. 臧振華、劉益昌、Michael Pietrusewsky、涂勤慧，十三行遺址出土人骨初步報告，《北縣文化》70，頁18-22。
  37. 臧振華、劉益昌、Michael Pietrusewsky、涂勤慧，十三行人面貌復原工作過程，《北縣文化》70，頁23-28。
  38. 劉益昌、郭素秋、簡史朗，〈九二一震災後Lalu遺址發掘及其意義〉，《災難與重建－九二一震災與社會文化重建研討會論文集》：405-435，台北：中央研究院台灣史研究所籌備處，2004.6。
  39. 世紀考古學者張光直先生與臺灣考古學，《20世紀臺灣歷史與人物--第六屆中華民國史專題論文集》（臺北：國史館，2002），頁81-107。
  40. 台灣的史前文化，《台灣歷史的鏡與窗》（臺北：國家展望文教基金會，2002），頁11-20。
  41. 費朗聚落的考古學初步研究，《族群意識與文化認同》，平埔族群與台灣社會大型研討會論文集，（臺北：中央研究院民族學研究所，2003）。
  42. 大甲溪中游地區史前文化的探討，《台中縣開發史學術研討會論文集》（清水：台中縣文化局，2003），頁7-40。
  43. 〈牛罵頭遺址發掘與研究〉《中縣文獻》10：23-49（2004.7）。
  44. 顏廷?、劉益昌，雲林縣麥寮鄉雷厝遺址試掘報告，《田野考古》8（2004.3）：95-122。
  45. 顏廷?、劉益昌，從雷厝遺址出土的釉上彩瓷器討論其相關問題，《田野考古》9 （2004.12）：99-112。
  46. 〈世變與傳承——史語所在台灣的考古學研究〉，《中央研究院歷史語言研究所七十五週年紀念論文集》：73-87（2004.8）。
  47. 〈石璋如先生與台灣考古學〉，《古今論衡》12（2005.3）：97-106。
  48. 台南縣麻豆鎮水堀頭遺址試掘及其意義，《南瀛文獻》第四輯，台南縣政府，頁6-21，2005.9。
  49. “台灣玉器製造技術”與研究方法的初步檢討，許倬雲、張忠培主編，《新世紀的考古學—文化、區位、生態的多元互動》，（北京：紫禁城出版社，2006.4），頁471-496。
  50. 第一章史前歷史，吳翎君編纂，《續修花蓮縣志歷史篇》，（花蓮：花蓮縣政府，2006.6），頁1-31。
  51. 考古學研究所見人群互動關係與分布界線----以嘉南平原東側丘陵山地地區為例，葉春榮主編，《建構西拉雅2005台南地區平埔族群學術研討會論文集》，（新營：台南縣政府，2006.10），頁39-60。
  52. 初期南島語族在台灣島內的遷移活動:聚落模式以及可能的遷徒動力 (The Earliest Austronesians and their movements inside Taiwan: settlement patterns and possible forcing factor)，《東南亞到太平洋》(From Southeast Asia to the Pacific)，Scarlett Chiu / Christophe Sand 主編，台北：中央研究院考古學研究專題中心，2006.12。
  53. 下一步該往何處去？針對島嶼東南亞的南島語族研究提出相關考古議題(What next? Pressing archaeological questions in Austronesian studies in Island Southeast Asia. )《東南亞到太平洋》(From Southeast Asia to the Pacific)，Scarlett Chiu / Christophe Sand 主編，台北：中央研究院人社中心考古學研究專題中心。（與Scarlett Chiu / Christophe Sand合著）
  54. 台灣考古學與原住民研究，《國立台灣大學考古人類學刊》66：70-93（2006.12）。
  55. 十六至十七世紀鉛釉陶瓷初探-以台灣考古遺址出土品為例，《故宮文物月刊》286：（2007.1）：98-111。(與王淑津合著)
  56. 十七世紀前後台灣煙草、煙斗與玻璃珠飾的輸入網絡：一個新的交換階段，《台灣大學美術史研究集刊》22（2007.3）：51-82。(與王淑津合著)
  57. 大肚台地的史前文化與變遷，《中縣文獻》11：53-81（2007）。
  58. 導讀二　南瀛研究的特色與意義，林玉茹 & Fiorella Allio (艾茉莉)主編，《南瀛的歷史、社會與文化》，（台南縣政府：新營，2008），頁xi-xvi。
  59. 蔦松文化與西拉雅關係考古學研究的檢討，林玉茹 & Fiorella Allio (艾茉莉)主編，《南瀛的歷史、社會與文化》，（台南縣政府：新營，2008），頁389-407。
  60. 劉斌雄先生與臺灣考古學，林美容、郭佩宜、黃智慧主編，《劉斌雄先生紀念論文集》，（台北：中央研究院民族學研究所，2008），頁425-444。

會議論文
  1. 台北盆地考古遺址分佈及其意義，「台灣之第四紀第四次研討會」（台北：中國地質學會，1992）。
  2. 台灣史前文化層序研究的省思，「臺灣考古百年紀念研討會」（台北：中央研究院歷史語言研究所，1996.6.15-16）。
  3. 芝山岩遺址1995-1996年的新發現，「臺灣考古百年紀念研討會」（台北：中央研究院歷史語言研究所，1996.6.15-16）。
  4. 雪霸國家公園人文史蹟調查及其意義，《中台灣自然保育研討會論文集》（台中：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1997）。
  5. Prehistory and Austronesian in Taiwan: An Archaeological Perspective, Conference on Austronesian Studies in Taiwan--Retrospect and Prospect,（The Phoebe Hearst Museum of Anthropology, University of Colifornia , Berkeley: October 27-28, 1997）.
  6. 立霧溪流域史前族群關係，「族群互動與泰雅族文化變遷學術研討會論文」：209-227（花蓮：國立台灣博物館、中國民族學會，2000.7.28-30）。
  7. 台灣中部地區史前晚期文化的檢討，《中台灣鄉土文化學術研討會論文集》：17-39（台中：台中市文化局，2000.9.14-15）。
  8. 上沙崙考古遺址發掘現況，「竹塹生命史研討會」論文，（新竹：新竹市政府主辦，2000.10.20-21），頁7-15。
  9. 圓山文化年代檢討—兼論台北盆地史前文化變遷，《北台灣鄉土文化學術研討會論文集》：71-112（台北：政治大學歷史系，2000.10.14-15）。
  10. 東部地區史前文化層序之檢討，「台東縣後山文化學術研討會論文」：65-103（台東：台東縣文化局，2000.10.15-16）。
  11. 台灣北部新辨認的訊塘埔文化，《珠江三角洲與台灣地區考古—近年來的新發掘和新評估研究會》：1-22（2001.6.8）。
  12. 雲林史前文化初探，「第一屆雲林研究學術研討會」論文，（斗六：雲林縣社區希望聯盟協進會、雲林科技大學文化資產維護研究所主辦，2001.7.7-8），頁1-19。
  13. 二千年來古環境--台北盆地考古記錄，發表於「二千年來古氣候及環境變遷討論會」（臺北：臺灣大學全球變遷中心，2002.3.2）。
  14. 劉聰桂、臧振華、劉益昌，全新世開始以來台北縣八里海岸平原的沈積環境，發表於「台灣之第四紀第九次研討會論文集」（臺北：中國地質學會第四紀研究會主辦，2002.11.22-23）。
  15. 劉瑩三、劉益昌，臺灣東部考古遺址出土玉器／玉料來源之初步研究，發表於「2002年臺灣的考古學研究學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2002.12.9-10）。
  16. 藍敏菁、劉益昌，金門后豐港遺址的試掘結果及其意義，發表於「2002年臺灣的考古學研究學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所，2002.12.9-10）。
  17. 台灣玉器製造技術與研究方法的初步檢討,發表於「新世紀的考古學--文化、區位、生態的多元互動學術研討會」（臺北：中央研究院歷史語言研究所主辦,2003.10.23）。
  18. 台灣考古學的研究趨勢〈考古學研究專題中心成立的宗旨與展望〉，（台北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心主辦，2003.11.7）。
  19. 台灣考古學的研究趨勢〈考古學在文化資產研究的角色〉，（台北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心主辦，2003.11.7）。
  20. 劉益昌、謝明良、顏廷伃、王淑津，熱蘭遮城遺址出土之歐洲瓷器，發表於「台灣地區出土瓷器資料研究論文發表會」（臺北：中央研究院蔡元培人文社會科學研究中心主辦，2003.11.29）。
  21. 台南縣麻豆鎮水堀頭遺址試掘及其意義，發表於「倒風內海研究學術研討會」（麻豆，真理大學麻豆校區：台南縣文化局主辦，2003.12.13-14）。
  22. 「第八屆中華文明二十一世紀新意義研討會—文物收藏、文化遺產與歷史解釋」〈考古遺址與出土遺物的詮釋-以台灣為例〉，（台北，故宮博物院：故宮博物院主辦，2004.4.3-5）。
  23. 「澎湖永續發展經營管理研討會地質公園設置與推動論文集」〈澎湖早期人類活動—以地質資源和人類關連為主〉，（馬公，澎湖技術學院：國立台灣大學、澎湖技術學院主辦，2004.6.12-13）。
  24. 劉益昌、鍾國風、陳俊男、鄭德端，〈花蓮縣黃麻遺址發掘簡報〉，「2004年臺灣考古工作會報」（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心主辦，2004.12.4-5）。
  25. 劉益昌、劉瑩三、顏廷伃，〈清水三遺址的新近發掘與初步成果簡報〉，「2004年臺灣考古工作會報」（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心主辦，2004.12.4-5）。
  26. 劉益昌、李德河、王淑津、顏廷伃、榮芳杰、許朝景、蘇全正，〈左營舊城考古工作的文化資產意義〉，「2004年臺灣考古工作會報」（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心主辦，2004.12.4-5）。
  27. 劉益昌、簡史朗，〈埔里盆地及周緣地區調查概報〉，「2004年臺灣考古工作會報」（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心主辦，2004.12.4-5。
  28. The Earliest Austronesians and their movements inside Taiwan，「2005年Lapita圓桌會議」（中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心主辦，2005.6.5-6）。
  29. 西拉雅人的考古學研究，「第一屆南瀛學國際學術研討會」，第一屆南瀛學國際學術研討會籌備委員會主辦；尖山埤江南渡假村，2005.10.15-16。
  30. 王淑津、劉益昌，十七世紀前後臺灣玻璃珠飾與煙草、煙斗的輸入網路：一個新的交換階段，「台灣地區外來物質：珠子與玻璃環玦形器研討會」，中央研究院歷史語言研究所主辦，2005.10/22-23。
  31. 從玉器到玻璃、瑪瑙：台灣史前裝飾器物的變遷，「台灣地區外來物質：珠子與玻璃環玦形器研討會」，中央研究院歷史語言研究所主辦，2005.10/22-23。
  32. 劉益昌、郭素秋，金門復國墩遺存在亞洲大陸東南沿海的地位及其意義，「中國東南沿海島嶼考古學研討會」，連江縣政府文化局與中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心共同舉辦，2005.10.29-30。
  33. 劉瑩三、劉益昌，顯微拉曼光譜應用在陶片礦物成分分析初探，「2005年台灣考古工作會報」，國立臺灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。
  34. 林淑芬、劉益昌、曾宏民、李佳瑜、盧瑞櫻，嘉義縣故宮南院地質考古概要，「2005年台灣考古工作會報」，國立臺灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。
  35. 劉益昌、顏廷?、王淑津、鍾國風、林美智，熱蘭遮城遺址發掘及其意義：歷史時期遺址考古發掘地層分析的初步討論，「2005年台灣考古工作會報」，國立臺灣史前文化博物館主辦，2006.3.4-5。
  36. Chiu, Scarlett and Yi-chang Liu,“Technical style: a multimethodic approach to look at Austronesian expansions.”, 18th Congress Indo-Pacific Prehistory Association, NationalMuseum and University of the Philippines Archaeological Studies Program, Manila, March 20-26, 2006
  37. 地理信息系統(Geological Information System, GIS)在台灣考古學研究的發展：一個考古學者的觀點，第四屆「兩岸三院信息技術應用與交流研討會」，中國科學院計算機網絡信息中心、社科院計算機網絡中心、本院計算中心合辦，2006.9.2。
  38. 台灣考古學與原住民研究，「原住民與大學（原住民與大學教學的互動關係）學術研討會」，北海道大學主辦，2006.12.16-21。
  39. 台北縣訊塘埔遺址發掘報告概要，「2006年台灣考古工作會報」，國立自然科學博物館主辦，2007.5.5-6。（與鍾亦興、顏廷?合寫）
  40. 訊塘埔文化塗紅陶器之研究，「2006年台灣考古工作會報」，國立自然科學博物館主辦，2007.5.5-6。（與劉瑩三、鍾亦興合寫）
  41. 番仔園文化的檢討，「2006年台灣考古工作會報」，國立自然科學博物館主辦，2007.5. 5-6。（與曾宏民、李佳瑜合寫）
  42. 台南縣西寮遺址發掘工作概報（2006年），「2006年台灣考古工作會報」，國立自然科學博物館主辦，2007.5.5-6。（西寮遺址發掘工作團隊合寫）
  43. 熱蘭遮城遺址出土十七世紀中國與日本瓷器，「2006年台灣考古工作會報」，國立自然科學博物館主辦，2007.5.5-6。（與王淑津、顏廷?、鍾國風合寫）
  44. 考古數位典藏成果與地理資訊之整合應用，「2007年台灣地理資訊學會年會暨學術研討會」，台灣地理資訊學會主辦，於嘉南藥理科技大學國際會議中心舉行，2007.10.11-12。
  45. 台灣考古資料的保存與數位化，第5屆「兩岸三院資訊技術交流與數位資源共享研討會」，中央研究院計算中心主辦，2007.10.15-17。
  46. “The Spatial and temporal relations between stratigraphy, features and artifacts found in the 17th century strata in the Zeelandia site”，「海域物質文化交流：十六至十八世紀歐洲與東亞、東南亞的文化互動」國際研討會，中央研究院歷史語言研究所、中央研究院人社中心考古學研究專題中心主辦，2007.10.31-11.2。（與鍾國風、王淑津、顏廷?合寫）
  47. 台灣出土的早期玉器及相關問題，「第四屆南中國及鄰近地區古文化研究」研討會，香港中文大學「中國考古藝術研究中心」主辦，2007.11.20-11.23。
  48. 從西寮遺址發掘談蔦松文化的聚落形態，「再現西拉雅-2007台南地區平埔族群學術研討會」研討會，台南縣政府文化局舉辦，中央研究院民族學研究所、台南縣政府南區服務中心協辦，2007.11.24。（與顏廷?合寫）
  49. 水堀頭遺址的發掘與意義，「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」，國立台灣大學人類學系主辦，2008.5.10。（與鍾國風合寫）
  50. 反省與思考：臺灣考古學與文化資產研究，「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」，國立台灣大學人類學系主辦，2008.5.11。
  51. 崇德遺址的研究：議題回顧與展望，「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」，國立台灣大學人類學系主辦，2008.5.11。（與王淑津合寫）
  52. 由花蓮崇德遺址出土陶片之切片分析所得到的新認識，「環臺灣地區考古學國際研討會暨2007年度臺灣考古工作會報」，國立台灣大學人類學系主辦，2008.5.11。（與林淑芬、王淑津合寫）
  53. 台灣歷史考古學研究過程與方法學的檢討，「建築考古的方法學國際研討會」，國立台灣博物館、臺北市政府捷運工程局、中原大學建築系主辦，2008.7.12。

編輯整理
  1. 臧振華、劉益昌，台灣考古學研究書目（台北：中央研究院歷史語言研究所,1992）。
  2. 宋文薰、尹建中、黃士強、連照美、臧振華、陳仲玉、劉益昌，台灣地區重要考古遺址初步評估第一階段評估報告（台北：中國民族學會，1992）。
  3. 黃士強、臧振華、陳仲玉、劉益昌，台閩地區考古遺址普查研究計畫第一期研究報告（台北：中國民族學會，1993）。
  4. 臧振華、陳仲玉、劉益昌，台閩地區考古遺址普查研究計畫第二期研究報告（台北：中國民族學會，1994）。
  5. 臧振華、陳仲玉、劉益昌等，台閩地區考古遺址普查研究計畫第三期研究報告（台北：中央研究院歷史語言研究所，1995）。
  6. 台灣研究網路化——臺灣考古部份（台北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，1996-2001）。
  7. 劉益昌、潘英海編，平埔族群的區域研究論文集（南投：臺灣省文獻委員會,1998）。
  8. 劉益昌、潘常武、顏廷伃、陳俊男、林美智、許理清，臺東縣史前遺址——海岸山脈東側與綠島（臺東縣政府委中央研究院歷史語言研究之研究報告，2000.1）。
  9. 劉益昌、王巨中、陳隆智、陳惠君，《十三行博物館展示單元細部內容文字、圖像資料建立專案報告》，台北縣立十三行博物館籌備處委託，中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2001.11.30。
  10. 陳仲玉、劉益昌，《台閩地區考古遺址普查研究計畫第六年年度報告》，（台北：中央研究院歷史語言研究所，2001.11）。
  11. 劉益昌、陳俊男、顏廷伃、林美智、藍敏菁、陳思嘉、陳雪卿、陳惠君、蕾娃慕秋，臺東縣史前遺址——臺東平原以南與蘭嶼地區（臺東縣政府委中央研究院歷史語言研究之研究報告，2002.5）。
  12. 劉益昌、林美智、陳惠君、潘常武，十三行博物館展示相關考古探坑發掘暨考古出土現象製作計畫報告（臺北縣十三行博物館籌備處委託之研究報告，2002）。
  13. 潘朝成、劉益昌、施正鋒合編《台灣平埔族》台北：前衛出版社，2003.5。
  14. 劉益昌編審《黑狗大風---上古甦醒的島嶼傳說》，台北：行政院國家科學委員會，2006。

調查研究報告
  1. 李光周、劉益昌、李匡悌，台灣翡翠水庫考古調查報告（台北：國立台灣大學考古人類學系，1982）。
  2. 太魯閣國家公園普洛灣遺址第一次發掘報告（台北：內政部營建署太魯閣國家公園委託執行，1988）。
  3. 美濃水庫計畫地區考古調查報告（台北：財團法人中興顧問社委託執行，1989）。
  4. 黃士強、劉益昌，全省重要史蹟勘查與整修建議──考古遺址與舊社部份（交通部觀光局委託國立台灣大學考古人類學系之研究報告，1993）。
  5. 鳳鼻頭遺址的範圍與文化（台北：高雄縣政府委託之研究報告，1994）。
  6. 劉益昌、吳佰祿，雪霸國家公園人文史蹟調查研究（一）：大安溪上游部分（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1994）。
  7. 劉益昌、朱正宜、林淑芬、周淑文，高雄市龍泉寺遺址範圍及內涵調查研究（台北：高雄市政府民政局委託之研究報告，1995）。
  8. 北宜高速公路頭城交流道匝道與宜蘭縣大竹圍文化遺址重疊部分發掘調查報告（宜蘭：財團法人蘭陽文教基金會，1995）。
  9. 劉益昌、吳佰祿，雪霸國家公園人文史蹟調查研究(二)：大安溪、後龍溪上游部分（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1995）。
  10. 劉益昌、邱敏勇、符文鳳，東部海岸國家風景區綠島史前文化調查研究報告（交通部觀光局東部海岸國家風景區管理處委託，中央研究院歷史語言研究所之研究報告，1995）。
  11. 鯉魚潭水庫計畫地區第二期史蹟調查暨伯公壟遺址發掘計畫報告（台灣省水利局中部水資源開發工程處委託，中央研究院歷史語言研究所之研究報告，1995）。
  12. 田野調查暨田野發掘實施報告，《台灣地區地方考古人才培訓班【第二期】第二階段田野課程》（宜蘭：財團法人蘭陽文教基金會，1996）。
  13. 松茂地區人文史蹟調查研究——托阿卡舊社遺址調查報告（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1996）。
  14. 劉益昌、陳儀深、詹素娟、陳亮全，芝山岩文化史蹟公園史前文化、人文歷史、視覺景觀等資源調查及居民資源之培育（台北市政府民政局委託，中華民國都市計畫學會之研究報告，1996）。
  15. 台北市芝山岩遺址受「天母忠誠路次幹管工程」影響部份處理報告（台北市政府民政局委託之研究報告，1996）。
  16. 藝文資源（展演設施除外）調查作業手冊——考古遺址類（行政院文化建設委員會委託，中央研究院中國文哲研究所籌備處之研究報告，1997）。
  17. 台北縣北海岸地區考古遺址調查報告（台北縣立文化中心委託，中國民族學會之報告，1997.5.24）。
  18. 劉益昌、楊鳳屏，大甲溪上游史前遺址及早期原住民活動調查（雪霸國家公園管理處委託，中華民國國家公園學會之研究報告，1997.8.30）。
  19. 劉益昌、李德仁、許蓓青，東西向快速公路漢寶草屯線「林厝遺址」調查搶救計畫史蹟調查計畫（台灣省公路局東西向快速公路中區工程處委託，中央研究院歷史語言研究所之研究報告，1997）。
  20. 劉益昌、吳佰祿、楊鳳屏，大甲溪上游史前遺址及早期原住民活動調查（二）（雪霸國家公園管理處委託，中華民國國家公園學會之研究報告，1998.6.30）。
  21. 劉益昌、李德仁、楊鳳屏，台中縣史前遺址現況調查研究（台中縣立文化中心委託，中國民族學會之研究報告，1998.7.30）。
  22. 七家灣遺址內涵及範圍研究（和平：行政院國軍退除役官兵輔導委員會武陵場，
    1999.3）。
  23. 劉益昌、郭素秋、戴瑞春、簡史朗、邱水金，水蛙窟遺址內涵及範圍研究（南投：南投縣政府，1999.8）。
  24. 劉益昌、顏廷?，臺東縣史前遺址內涵及範圍研究——海岸山脈東側與綠島（臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告，1999.11）。
  25. 劉益昌、顏廷?、許理清，七家灣遺址受國民賓館影響範圍發掘報告（和平：行政院國軍退除役官兵輔導委員會武陵場，1999.11.30）。
  26. 黃士強、劉益昌、楊鳳屏，圓山遺址史蹟公園範圍區考古發掘研究計畫（臺北市立兒童育樂中心委託國立臺灣大學人類學系之研究報告，1999.12）。
  27. 劉益昌、郭素秋，臺北市考古遺址調查與研究（臺北：臺北市政府民政局，2000.2）。
  28. 劉益昌、林美智，斗六梅林遺址內涵與範圍研究（雲林縣政府民政局委託國立雲林科技大學文化資產維護研究所之研究報告，2000.6）。
  29. 臧振華、劉益昌、郭素秋、楊鳳屏、涂勤慧、陳思嘉，《第二級古蹟十三行遺址調查研究報告》，台北縣政府文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2000.8.31。
  30. 劉益昌、鄭安睎，《棲蘭山檜木林區人文史蹟資源調查研究》，內政部營建署太魯閣國家公園管理處委託委託中華民國國家公園學會之研究報告，2000.10.25。
  31. 劉益昌、吳佰祿、鄭安睎、陳秋香、許懿萱，《台灣原住民舊社遺址調查研究》，行政院原住民委員會，委託中國民族學會之研究報告，2000.11.30。
  32. 劉益昌、陳仲玉、林美智，《集集共同引水工程計畫工區內共和遺址搶救發掘及鄰近地區施工監測報告》，經濟部水利處中區水資源工程局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2000.11.30。
  33. 臧振華、劉益昌、郭素秋、楊鳳屏、涂勤慧、陳思嘉，第二級古蹟十三行遺址調查研究報告（臺北縣政府文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2001.2.28）。
  34. 黃光男、劉益昌、吳國淳，高雄地區史前遺址展示規劃研究（高雄市立歷史博物館委託國立歷史博物館之研究報告，2001.2）。
  35. 溫振華、劉益昌，《台中縣清水牛罵頭遺址地域資料蒐集研究》，（清水：台中縣文化局，2001.5.31.）。
  36. 劉益昌、郭素秋、簡史朗，《Lalu遺址與邵族歷史》，中央研究院九二一災後重建相關研究計畫執行報告書，2001.8.31。
  37. 劉益昌、林美智、陳雪卿，〈牛罵頭史前遺址內涵範圍研究〉載溫振華、劉益昌，《台中縣清水牛罵頭遺址地域資料蒐集研究》，（清水：台中縣文化局，2001.5.31.）。
  38. 劉益昌、陳光祖、顏廷?，《第一級古蹟大坌坑遺址調查研究報告》，台北縣政府文化局委託中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2001.5.31。
  39. 劉益昌、邱水金、戴瑞春、王美玉、李貞瑩，《宜蘭縣大竹圍遺址受北宜高速公路頭城交流道匝道影響部分發掘研究報告》，（宜蘭縣政府，2001.6.24）。
  40. 劉益昌、陳俊男、顏廷?，臺東縣史前遺址內涵暨範圍研究——臺東平原以南與蘭嶼地區（臺東縣政府委託中央研究院歷史語言研究所之研究報，2002.5.10）。
  41. 劉益昌、郭素秋，新竹市上沙崙遺址範圍及內涵研究（新竹市政府文化局委託之調查報告，2002）。
  42. 劉益昌、郭素秋，大屯七星山系考古遺址調查研究計畫--金包里大路（魚路古道）沿線考古遺址調查研究（內政部營建署陽明山國家公園管理處委託中華民國國家公園學會之研究報告，2002）
  43. 林玉茹、劉益昌等，疑似舊麻豆港水堀頭遺址探勘暨歷史調查研究計畫報告（臺北：中央研究院台灣史研究所籌備處，2003）。
  44. 傅朝卿、劉益昌、李德河等，第一級古蹟台灣城殘蹟（原熱蘭遮城）城址初步研究計畫報告（台南：財團法人成大研究發展基金會，2003）。
  45. 劉益昌、郭素秋等，《台閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，台北縣、台北市、基隆市，內政部委託（台北：中央研究院歷史語言研究所，2004.12）
  46. 劉益昌、陳仲玉、郭素秋等，《台閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，南投縣，內政部委託（台北：中央研究院歷史語言研究所，2004.12）
  47. 劉益昌、陳俊男等，《台閩地區考古遺址普查研究計畫（七）》，宜蘭縣、花蓮縣，內政部委託（台北：中央研究院歷史語言研究所，2004.12）
  48. 詹素娟、劉益昌，〈陽明山國家公園七星山天坪及竹子湖考古學研究〉，內政部營建署陽明山國家公園管理處委託（台北：中華民國國家公園學會，2004.11）
  49. 劉益昌、李德河等著，《高雄市左營舊城遺址範圍內「外興隆營區」考古試掘計畫期末報告》，高雄市政府委託（台北：中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2004.11.20）
  50. 《臺中縣和平鄉Babao遺址搶救發掘計畫第一階段緊急考古發掘田野工作期末報告》，台中縣文化局委託（台北：中央研究院歷史語言研究所，2005.6）。
  51. 《台中科學園區基地清代窯址發掘出土標本整理研究計畫成果報告》，中部科學工業園區開發籌備處委託（台北：中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心，2005.12.7）。
  52. 劉益昌、林淑芬等，《國立故宮博物院南部分院基地考古遺址調查計畫結案報告》國立故宮博物院委託（台北：中央研究院歷史語言研究所之研究報告，2006）。
  53. 李德河、傅朝卿、劉益昌等，《王城試掘研究計畫（二）及影像紀錄期末報告》行政院文化建設委員會指導、台南市政府委託（台南：財團法人成大研究發展基金會，2006.4）。
  54. 劉益昌、郭素秋、林淑芬、林美智，《台北植物園及南海學園地下遺址之考古探勘專業分析評估計畫》，行政院農委員林業試業所委託，2006.12。
  55. 劉益昌、溫振華、王淑津、林美智，《「臺中縣縣定古蹟牛罵頭遺址調查研究計畫案」結案報告書》，臺中縣文化局，清水，2006.12。
  56. 劉益昌、邱敏勇、林美智、鍾翰光，《綠島人權紀念園區遺址調查研究計畫案報告》，行政院文化建設委員會委託中央研究院歷史語言研究所執行，2006.12。
  57. 郭素秋、劉益昌，《金門移民適應與遷移調查研究（史前後期》，內政部營建署金門國家公園管理處委託研究報告，2006.12。
  58. 劉益昌、王淑津、林美智，《陽明山及鄰近地區考古學研究的回顧與展望》，內政部營建署陽明山國家公園管理處委託研究報告，2006.12。
  59. 郭素秋、劉益昌，《金門移民適應與遷移調查研究（史前後期）》，內政部營建署金門國家公園管理處委託研究報告，2006.12。
  60. 劉益昌、曾宏民、李佳瑜，《臺中縣考古遺址普查與研究計畫遺址登錄表》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告，2007.6。.
  61. 劉益昌、陳俊男、曾宏民、李佳瑜，《臺中縣考古遺址普查與研究計畫研究報告》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告，2007.6。
  62. 劉益昌、王淑津、林美智、曾宏民，《東沙環礁國家公園陸域考古遺址調查研究計畫成果報告書》，臺中縣文化局委託中央研究院人文社會科學研究中心考古學研究專題中心之研究報告，2007.11。
  63. 劉益昌、顏廷?、林美智、陳卉婷，《雲林縣考古遺址普查計畫遺址調查表》雲林縣政府委託，2007.12。
  64. 劉益昌、顏廷?、林美智、陳卉婷《雲林縣考古遺址普查計畫成果報告書》雲林縣政府委託，2007.12。
  65. 劉益昌、林美智、顏廷?、曾宏民，《臺中縣和平鄉 Babao 遺址（2008）》，臺中縣文化局，清水，2008。
  66. 劉益昌、鍾國風、林美智，《桃園縣大園鄉大園尖山遺址（2007）》桃園縣大園鄉大園國民小學，2008。
  67. 劉益昌、厲以壯、林美智，《苗栗縣竹南鎮山佳遺址（2008）》行政院文化建設委員會主辦，苗栗縣文化局，2008。

其他
  1. 關懷鄉土應保護遺址，《大眾科學》5，1（1984），頁1。
  2. 專訪石璋如先生，《中國民族學通訊》22（1984），頁3-11。
  3. 考古標本採集者集會，《中國民族學通訊》25（1986），頁67。
  4. 環境影響評估落實的第一步──鯉魚潭水庫計畫第一期史蹟調查，《財團法人中華顧問工程公司通訊》36（1986），頁1-10。
  5. 鯉魚潭水庫計畫地區考古調查，《中國民族學通訊》25（1986），頁66-67。
  6. 屏東縣近山區域考古調查，《中國民族學通訊》25（1986），頁67。
  7. 文化史蹟衝擊評估，中華民國工程環境學會編，《環境影響評估講習教材及參考資料》第二冊IV-9（1988），頁1-11。
  8. 台灣史前史，《玉山通訊》6（1987），頁4-12。
  9. 水庫建設與史蹟維護，《工程環境會刊》10（1988），頁117-122。
  10. 台南縣七股鄉番仔塭遺址，《台灣史田野研究室通訊》13（1989），頁37-39。
  11. 高雄地區史前時代居民，《高市文獻》2，1（1989），頁11-20。
  12. 台灣早期漢人及平埔族聚落的考古學研究，《台灣史田野通訊》12（1989），頁2-3。
  13. 台灣史前史，《台灣觀光協會會刊》350（1989），頁16-23。
  14. 臺灣地質學界的前輩──林朝棨，張炎憲等編《臺灣近代名人誌（第五冊）》（臺北：自立晚報社文化出版部，1990），頁299-310。
  15. 第三、史前遺蹟篇，《台中縣志卷一•土地志》（豐原：台中縣政府，1989），頁773-849。
  16. 考古遺址的保存，《中國民族學通訊》27（1990），頁60-63。
  17. 台灣地區史前文化概說──兼述太魯閣地區史前文化，《花蓮師範學院社教系系刊》1（1990），頁10-17。
  18. 文化資產與環境影響評估─十三行遺址的例子，《科學月刊》22，9（1991），頁644-645。
  19. 台北地區史前遺址概況，《北縣文化》31（1992），頁40-53。
  20. 三千年前的台北人──從圓山貝塚談起，《科學之旅》（台北：台灣科學教育館，1992），頁93-96。
  21. 八里十三行史前文化的發掘和台灣史前文化的重建，《史風》22（1992），頁55-62。
  22. 具體而微的台灣史，《公共電視》43（1992），頁10-13。
  23. 台灣地區重要考古遺址圖說：公埔遺址，《田野考古》3，1（1992），頁63-66。
  24. 十三行遺址及其相關問題簡介，《師大地理教育》18（1992），頁1-4。
  25. 考古遺址保存的一點意見，《中國民族學通訊》29（1993），頁35-40。
  26. 台灣史前史概說，台灣史與台灣史料──台灣史料評析講座記錄（一）（台北：自立報系出版社，1993），頁87-107。
  27. 對核四廠預定地內文化資產的一點看法，《山海文化雙月刊》5，（1994），頁78-79。
  28. 臺灣的考古學與史時代的遺址，國立中央圖書館臺灣分館編《知識寶庫廣播節目臺灣歷史系列演講專集》（臺北：國立中央圖書館臺灣分館編，1995.5），頁31-42。
  29. 臺灣的史前史，國立中央圖書館臺灣分館編《知識寶庫廣播節目臺灣歷史系列演講專集》（臺北：國立中央圖書館臺灣分館編，1995.5），頁43-55。
  30. 文化資產與環境影響評估，保育自然──陽明山國家公園自然講座彙編（台北：內政部營建署陽明山國家公園管理處，1995），頁32-40。
  31. 芝山岩——令人驚奇的小山，《台北畫刊》355（1995），頁21-23。
  32. 從考古學談區域史研究——以桃竹苗地區為例，《竹塹文獻雜誌》試刊號（新竹：市立文化中心，1995），頁20-51。
  33. 大馬璘遺址與考古，《水沙連雜誌》4(1996)，頁28-30。
  34. 劉益昌、詹素娟，噶瑪蘭的過去與未來，《宜蘭文獻雜誌》22（1997），頁32-37。
  35. 古老的土地公山人，《北縣文化》52（1997），頁4-14。
  36. 古老的竹南人——從山佳里遺址說起，載王幼華主編《戀戀中港：咱的故鄉咱的厝》（苗栗：苗栗縣立文化中心，1997.6），頁93-96。
  37. 大安溪後龍溪上游的住民（東勢：內政部營建署雪霸國家公園管理處，1997）。
  38. 文獻歷史以前的八里，《北縣文化》56（1998），頁4-13。
  39. 《大臺北古地圖考釋》讀後，《北縣文化》58（1998），頁16-20。
  40. 古老的石門人，《北縣文化》55（1998），頁4-13。
  41. 芝山岩考古探坑，《地質會訊》2001元月號，中國地質學會。
  42. 黃光男、劉益昌、吳國淳《高雄地區史前遺址展示規劃研究》，高雄市立歷史博物館委託國立歷史博物館之研究報告，2001.2。
  43. 十年為期，願芝山長青，《自然步道》11：2-3，2001，中華民國自然步道學會。
  44. 劉益昌、藍敏菁，馬祖考古的新發現，《連江水》12（2001）。
  45. 宜蘭在臺灣考古的重要性，《宜蘭文獻雜誌》43（2000.1），頁3-27。
  46. 彰化縣林厝遺址發掘及其意義，《彰化文獻》43（2000.6），頁31-72。
  47. 台灣的史前文化，《台灣歷史的鏡與窗》，頁11-20，（台北：國家展望文教基金會，2002.12）。
  48. 我們在不同的時間走過，《科學人雜誌》特刊4號－多樣性台灣（2006.9），頁114-121。