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1.學位論文
林玉茹 1997年3月
〈清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡〉，328頁，國立臺灣大學歷史學研究所博士論文。
林玉茹 1993年6月〈清代臺灣港口的空間結構〉，347頁，國立臺灣大學歷史學研究所碩士論文。
2.
期刊論文
林玉茹 2007年6月
〈商業網絡與委託貿易制度的形成：十九世紀末鹿港泉郊商人與中國內地的帆船貿易〉，《新史學》18卷2期，頁61-103。（有審查制度，國科會歷史學門期刊；獲選中研院97年度重要研究成果主文）
林玉茹 2005年6月
〈番漢勢力交替下港口市街的變遷：以麻豆港為例（1624-1895）〉，《漢學研究》23卷1期，頁1-34。（有審查制度，TSSCI；；獲選中研院95年度重要研究成果）
林玉茹 2004年6月
〈殖民地邊區的企業：日治時期東臺灣的會社及其企業家〉，《臺大歷史學報》33期，頁315-363。（有審查制度，國科會歷史學門期刊）
林玉茹 2004年3月〈戰爭、邊陲與殖民產業：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣投資事業的佈局〉，（《中央研究院近代史研究所集刊》43期，頁117-172。（有審查制度，國科會歷史學門期刊）
林玉茹 2003年9月
〈1945年以來臺灣學者臺灣史研究的回顧：課題與研究趨勢的討論（1945-2000）〉，《臺灣史料研究》21，頁2-33。
林玉茹 2003年6月
〈國家與企業同構下的殖民地邊區開發：戰時「臺拓」在東臺灣的農林栽培業〉，《臺灣史研究》10（1），頁85-139。（有審查制度，TSSCI）
林玉茹 2002年12月
〈歷史學與區域研究：以東臺灣研究為中心〉，《東臺灣研究》7，頁1-29。（有審查制度）
林玉茹 2002年6月
〈國策會社的邊區開發機制：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營系統〉，《臺灣史研究》9（1），頁1-54。（有審查制度，TSSCI）
林玉茹 2001年6月
〈殖民與產業改造：日治時期東臺灣的官營漁業移民〉，《臺灣史研究》，7（2），頁551-93。（有審查制度，TSSCI）
林玉茹 2000年9月
〈戰時經濟體制下東部水產業的統制整合：東臺灣水產會社的成立〉，《臺灣史研究》，6（1），頁59-92。（有審查制度，TSSCI）
林玉茹 1999年12月
〈地方知識與社會變遷：戰後臺灣方志的發展〉，《臺灣文獻》，50（4），頁235-289。（有審查制度）
林玉茹 1999年11月
〈清代竹塹地區的商人團體：類型、成員及功能的討論〉，《臺灣史研究》，5（1），頁47-90。（有審查制度，TSSCI）
林玉茹 1999年6月
〈清代竹塹地區在地商人的活動與網絡〉（上）（中）（下），《臺灣風物》，49（2）、49（3）、49（4），頁15-64、61-93、61-89。
林玉茹 1998年12月
〈清代竹塹地區的商人與商業活動〉，《臺灣文獻》，49（4），頁299-336。（有審查制度）
林玉茹 1998年9月
〈清代臺灣的洪水災害〉，《臺灣文獻》，49（3），頁83-104。（有審查制度）
林玉茹 1998年3月
〈一個傳統地區性市場圈的形成：以竹塹地區為例〉，《臺灣文獻》，49（1），頁145-202。（有審查制度）
林玉茹 1997年12月
〈由魚鱗圖冊看清末後山的清賦事業與地權分配型態〉，《東臺灣研究》2，頁131-168。（有審查制度）
林玉茹 1995年3月
〈清末新竹縣文口的經營：一個港口管理活動中人際脈絡的探討〉，《臺灣風物》，45（1），頁113-148。
林玉茹 1995年3月
〈清代臺灣中港與後龍港港口市鎮之發展與比較〉，《臺北文獻》直字111，頁59-107。（有審查制度）
林玉茹 1995 年3月〈清末臺灣港口系統的演變：巔峰期的轉型(1861-1895)〉，《臺灣文獻》46（1），頁95-127。（有審查制度）
林玉茹 1994年9月
〈清初與中葉臺灣港口系統的演變：擴張期與穩定期(1683-1860)〉，《臺灣文獻》，45（3），頁31-79。（有審查制度）
林玉茹 1994年3月
〈清代臺灣港口的互動與系統的形成〉，《臺灣風物》，44（1），頁85-121。（有審查制度）
林玉茹 1993年12月
〈清代臺灣港口的發展與等級劃分〉，《臺灣文獻》，44（4），頁97-134。（有審查制度）
林玉茹 1993 年
〈清代臺灣港口的數量與分佈〉，《史原》19，頁213-261。
3.
專書
林玉茹 2007年11月
《殖民地的邊區：東臺灣政治經濟的發展》，411頁，臺北：遠流。
林玉茹、劉序楓 2006年9月《鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（
1895-1897）》，臺北：中央研究院臺史所。（有審查制度）
林玉茹、李毓中著 2004
年《戰後臺灣的歷史學研究1945-2000：臺灣史》，臺北：行政院國家科學委員會。（有審查制度）
林玉茹、李毓中著，森田明監譯 2004年1月
《臺湾史研究入門》（戰後以來臺灣史研究回顧），東京：汲古書屋。（有審查制度）
林玉茹 2000年5月
《清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡》，437頁，臺北：聯經。（有審查制度）
（書評：堤和幸，〈林玉茹著清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡〉，《東洋學報》，83（3），2000年，頁127-134；陳春聲，〈林玉茹著清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡〉，《歷史人類學學刊》，1（2），2003年10月，頁142-145）
林玉茹 1996年12月
《清代臺灣港口的空間結構》，347頁，臺北：知書房。
4.學術會議論文
林玉茹 2008年5月〈回首來時路：中央研究院臺灣史研究所古文書室藏文書的蒐集與運用〉，發表於逢甲大學歷史與文物管理研究所、臺灣古文書學會舉辦的「第二屆臺灣古文書與歷史研究學術研討會」，共32頁。
林玉茹 2007年6月
〈軍需產業與邊區移民政策的轉向：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的移民事業〉，發表於本所主辦「產業發展與社會變遷國際學術研討會」，共31頁，6月21-22日。
林玉茹 2006年6月
“From Zhengchuan（整船）
to Duijiao（對交）:The
Traditional Junk Trade between Lugang Jiaoshang and Mainland China during the
Qing Dynasty,”
presented at Harvard-Yenching Institute International Conference：Reviewing
the past, projecting the future: Harvard-Yenching Institute’s Contributions to
the Advancement of the Humanities & Social Sciences in Asia, Panel 3:Change and
Transitions in Middle and late Imperial China, Session 4: Government, Merchants
and Social Change. June 2 to June 4.
林玉茹 2004年8月
〈番漢勢力交替下港口市街的變遷：以麻豆港為例（1624-1895）〉，發表於廈門大學臺灣研究院主辦「海峽兩岸臺灣史學術研討會」，共16頁，8月15-16日。
林玉茹 2003年12月
〈十九世紀末變局下鹿港郊商的肆應與貿易活動：以鹿港許志湖家郊信文書為中心的介紹與討論〉，發表於金門技術學院舉辦「2003閩南文化學術研討會」，共19頁，12月6-8日。
林玉茹 2003年10月
〈邊陲與企業：日治時期東臺灣會社的發展〉，發表於國立臺東大學主辦「邊陲社會及其主體性學術研討會」，臺東大學，共40頁，10月2-3日。
林玉茹 2002年12月
〈戰爭、邊陲與殖民產業：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣投資事業的佈局〉，發表於中研院臺灣史研究所籌備處主辦「殖民主義與現代性研討會」，中研院臺史所，共44頁，12月13、14日。
林玉茹 2002年6月
〈歷史學與區域研究：以東臺灣研究為中心〉，發表於東臺灣研究會主辦「區域研究與學科發展：以東臺灣研究為中心」研討會，中央研究院民族所，共15頁，6月27日。
林玉茹 2001年12月〈國家與企業同構下的邊區開發：
戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的農林栽培業〉，發表於中央研究院臺灣史研究所主辦「國家與東臺灣區域發展史學術研討會」，頁1-40，2001年12月15日。
林玉茹 2001年6月
〈國策會社的邊陲管理架構：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營管理系統〉，中央研究院臺灣史研究所籌備處主辦，「國科會臺灣史專題計劃成果發表學術研討會」，2001年6月29日，頁1-38。
林玉茹 2000年10月
〈殖民與產業改造：日治時期東臺灣的日本人官營漁業移民〉，「東臺灣鄉土與文化研討會」，臺東師院，10月6日至7日。
林玉茹 2000年9月
〈國家在東臺灣歷史上的角色〉，「國家與東臺灣發展史研討會」之構想與目的討論會」引言，東臺灣研究會主辦，9月21日。
林玉茹 2000年7月
〈商業、土地與網絡：清代竹塹郊商的土地經營策略〉，「第三屆中國商業史國際研討會：中國商人、商會及商業網絡」，香港中文大學，7月6日至8日。
林玉茹 1999年9月
〈東臺灣水產株式會社：一個日治末期區域漁業資源整合的個案〉，「臺灣漁業史學術會議」，頁1-33。臺北：中央研究院歷史語言研究所，9月30日。
林玉茹 1999年9月
〈清代竹塹城商人土地的取得與經營模式〉，「竹塹城建城170週年學術研討會」，頁69-99，新竹：新竹市立文化中心，9月19日。
林玉茹 1999年5月
〈知識與社會：戰後臺灣方志的發展〉，收於許雪姬、林玉茹編，《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》，頁，25-66。臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處。
林玉茹 1998年5月
〈清代竹塹地區的商人團體──類型、成員與功能的討論〉，「北臺灣發展史學術研討會」，臺北國立臺灣師範大學，5月23日。
林玉茹 1998 年5月
〈臺東直隸州丈量八筐冊的史料價值──兼論一手史料的編輯整理問題〉，「1998年海峽兩岸檔案學術交流會」，臺北國家圖書館，5月18日。
林玉茹 1996年12月
〈清代竹塹地區的在地商人及其商業資本〉，「臺灣商業傳統國際學術研討會」，臺北中研院，12月15日。
林玉茹 1996 年6月
〈白川夜舟「臺東舊紀」譯註與史料價值評介〉，「東臺灣研究與南島文化研討會」，6月30日。
5.他類論文
林玉茹 2008年4月
〈導讀一：南瀛學國際研究的展開〉，收於林玉茹、Fiorella Allio主編，《南瀛歷史、社會與文化》，臺南：台南縣政府，頁Ⅵ-Ⅹ。
林玉茹 2004年10月
〈逐利之風：清代台灣郊商的多元投資策略〉，《歷史月刊》201期，頁74-82。
林玉茹 2000年12月
〈國家在東臺灣歷史上的角色〉，《東臺灣研究》5：161-170。
林玉茹 1994 年5月
〈綿延不絕的清淨之火：原住民的家用能源〉，《能源報導》，1994.5期，頁3-5。
6.專書（論文集）之一章
林玉茹 2008年6月
〈戰時東部漁業中心的形成：東臺灣水產會社的成立和花蓮港漁業移民的進行〉，收於吳翎君主編，《後山歷史與產業變遷》。花蓮：國立花蓮教育大學鄉土系，2008，頁129-172。
林玉茹 2006年9月
〈略論十九世紀末變局下鹿港郊商的肆應與貿易：以許志湖家貿易文書為中心的介紹〉，收於林玉茹、劉序楓主編 《鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（
1895-1897）》，臺北：中央研究院臺史所。（有審查制度）
林玉茹 2005年3月
〈殖民地邊區的企業：日治時期東臺灣的會社及其企業家〉，收錄於夏黎明主編，《邊陲社會及其主體性論文集》，臺東：東臺灣研究會，頁237-273。
林玉茹 2001年11月
〈閩粵關係與街庄組織的變遷：以清代吞霄街為中心的討論〉，《曹永和先生八十壽慶論文集》，臺北：曹永和先生八十壽慶論文集編輯委員會，頁81-101。
曹永和、林玉茹 2000年12月
〈明清臺灣洪水災害之回顧及其受災分析〉，《臺灣地區水資源史》，臺中：臺灣省文獻會，頁310-354。
林玉茹 1999年4月
〈臺東縣沿革〉，收於《臺東縣史地理篇》，頁11-51。臺東：臺東縣政府。（有審查制度）
林玉茹 1999年5月
〈清代竹塹地區的在地商人及其商業資本〉，《臺灣商業傳統論文集》，頁133-186。臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處。（有審查制度）
7.主編之專書
林玉茹、Fiorella Allio編
2008年4月 《南瀛歷史、社會與文化》，520頁，臺南：臺南縣政府。
許雪姬、林玉茹編 1999年5月
《五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集》，524頁，臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處。
8.研究報告
林玉茹 2004年8月
《臺南縣平埔族古文書集》，文化建設委員會和臺南縣政府文化局委託，未刊。
林玉茹、劉益昌 2003年12月
《水堀頭遺址探勘試掘暨舊麻豆港歷史調查研究報告》，文化建設委員會和臺南縣政府文化局委託，共259頁。
林玉茹 1999年
4月 〈明鄭至清中葉的臺灣交通（1662-1860）〉，共74頁。國立臺灣歷史博物館委託中研院臺灣史研究所「臺灣交通史展覽規劃案」。
9.資料彙編和史料介紹
林玉茹、鄭博文、林正慧 2006年9月〈台南縣地區漢人契約目錄〉，《南瀛文獻》第5輯，頁78-191。
林玉茹 2005年7月
〈清代台南縣平埔族的特色與問題－－以新編古文書集為中心的討論〉，《臺灣史料研究》25期，頁185-206。
林玉茹 1998年5月
〈臺東直隸州丈量八筐冊的史料價值──兼論一手史料的編輯整理問題〉，《海峽兩岸檔案學術交流會臺灣地區代表部分論文集》，臺北：中華檔案暨資訊微縮管理委員會，頁70-89。
林玉茹 1997年12月
〈「東臺灣世界」的研究史及史料評估〉，《東臺灣研究》2，頁17-30。
林玉茹 1996年12月
〈白川夜舟「臺東舊紀」譯注與史料價值評介〉，《東臺灣研究》，創刊號，頁117–140。
林玉茹 1996年10月
〈清末至日據烈嶼與福建之商船貿易活動──林天助先生訪問記錄〉，《史聯》26，頁1-8。
10.學術書評
林玉茹 2000年10月
〈久保文克著「殖民地企業史論──準國策會社ソ實證研究」評介〉，《臺灣史研究》6（2），頁189-196。
林玉茹 1998年12月
〈何（玉雲）著池上平原的土地利用與農業經營評介〉，《東臺灣研究》3，頁203-208。
林玉茹 1996年6月
李（祖基）著「近代臺灣地方對外貿易」評介，《臺灣史研究》，2（1），頁218-226。
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