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A.期刊論文
1978 〈鄭成功征台之背景－鄭氏政權性格之一考察〉，《史繹》第15期。
1981a 〈一八九五年「台灣民主國」的成立經過〉，《國立台灣大學歷史系學報》第8 期。
1981b 〈綜合評介「台灣事件」(1871—74)的日文研究成果〉，《史學評論》第3期。
1983 〈褔澤諭吉的台灣論〉，《國立台灣大學歷史系學報》第11期。
1988
〈明治三五年日本中央政界的「台灣問題」〉，《東海大學歷史學報》第9期。
1988 〈台灣における日本近代史研究の成果〉，《年報•近代日本研究》第10號。
1991 〈日本が体制主義を超えるか─遠い鄰人から〉，《世界》1991年4月臨時增刊號。
1994 〈台灣史的成立及其課題〉，《當代》第100期。
1996 〈中國にノ─をつきつた台灣人〉，《世界》第623號。
1997 〈台灣大學藏「伊能文庫」〉，《大學圖書館》第1卷第3期。
1998 〈從人類學者到歷史學者─台灣史研究的巨峰伊能嘉矩〉，《當代》第135期。
1999a 〈臺灣大學所藏の「伊能文庫」〉，《遠野物語研究》第3號。
1999b 〈臺灣史研究はいかにして成立するか？─臺灣ナショナリズムの歷史記述戰略〉，《日本臺灣學會報》第一號。
B.研討會論文
1988 〈從植民地教育學制的發展看台北帝國大學的成立〉，『六十周年校慶台灣史研討會(台大).』。
1989a 〈矢內原忠雄『帝國主義下の台灣』的一些檢討〉，『民國以來國史研究的回顧與展望研討會(台大).』。
1989b 〈『建白書』所見的『征台之役(1874)』，『第二回琉中歷史關係國際際學術會議(沖繩)』。
1989c
“The Japanese Legacy and Post-War Development in Taiwan: A General
Survey”, International Conference on Cultural Change in Postwar Taiwan, Seattle,
WA. 【與黃富三合著】。
1990a 〈明治三八年における廈門林維源銀行設立計畫について〉，『近百年中日關係史國際研討會(香港)』。
1990b 〈日據初期在台灣的日本人〉，『台灣歷史上的族群問題研討會』（俄亥俄州州立大學）。
1991
〈矢內原忠雄與培火〉，《蔣渭水逝世六十週年紀念暨臺灣史學術研討會文集》（鳳山：高雄縣政府）。
1992
〈台灣殖民地統治政策與外國顧問W. Kirkwood〉，『日據時期台灣史國際學術研討會』(台大歷史系).。
1993a 〈一九Ｏ五年廈門林維源銀行設立之計畫及相關問題〉，淡江大學『中國與亞洲國家係史學術研討會』。
1993b 〈台灣の國連加盟と東アジアの平和共存〉，日本明治學院大學政治學部主催『ポスト冷戰と東アジアの國際安全保障』研討會。
1993c 〈蕃地開發調查與「蕃人調查表」、「蕃人所要地調查書」〉,『台灣史料國際學術研討會』。
1993d 〈台灣總督府史事業與台灣分館館藏〉，『台灣分館館藏與台灣史研究研討會』（國立中央圖書館臺灣分館）。
1994 〈台灣の植民地近代化への再認識〉，『第三回東アジア歷史教育シンポシウム』（東京大學）。
1995a 〈乙未臺灣史事探析〉，『甲午戰爭一百週年紀念學術研討會論文集』，國立台灣師範大學歷史系。
1995b 〈日清戰爭と台灣〉，《日清戰爭百年•日清戰爭と東アジア世界の變容 國際シンポジウム》。
1995c 〈「歷史」的出現──台灣史學史素描（一）〉，『台灣史研究百年回顧與專題研討會』（中研院台史所、台大歷史系合辦）。
1996 〈台灣の植民地型近代化への再認識〉，比較史•比較歷史教育研究會編《黑船と日清戰爭─歷史認識をめぐる對話─》（東京：未來社）。
1997a 〈日本近代內閣檔案與「征台之役」研究〉，『第一屆史學與文獻學學術研討會』（東吳大學歷史系）。
1997b 〈歷史教育與鄉土教育──一個提供討論的意見〉，『鄉土史教育學術研討會』，國立中央圖書館台灣分館。
1997c 〈國立台灣大學の台灣史料について〉，『國際シンポジウム台灣植民地統治史研究の再檢討』，中京大學社會科學研究所。
1997d 〈日清戰爭と台灣〉，東アジア近代史學會編《日清戰爭と東アジア世界の變容》，ゆまに書房。
1998a 〈「歷史」的出現〉，黃富三、古偉瀛、蔡采秀主編《臺灣史研究一百年•回顧與研究》（台北：中央研究院台灣史研究所籌備處）。
1998b 〈從人類學者到歷史學者〉，國立台灣大學圖書館編《伊能嘉矩與台灣研究特展專刊》（台北：國立台灣大學圖書館）。
1999a 〈方志纂修的反省與思考──《二崁地方志》的經驗〉，『五十年來臺灣方志成果評估與未來發展』（臺灣省文化處•中央研究院臺灣史研究所籌備處）。
1999b 〈淡新檔案的數位化整理〉，『臺灣史料的蒐集與運用學術討論會』(與項潔合著)。
1999c 〈日本的「戰後歷史學」〉，臺灣歷史學會編《史學與國民意識論文集》（台北：稻鄉出版社）。
C.專書及專書論文
1983a
《台灣通史－唐山過海的故事》
(台北：時報出版公司)。
1983b
《迪化街傳奇》(台北：時報出版公司) 【與陳順昌合著】。
1986a 《日據前期台灣北部施政紀實 經濟篇･軍事篇》（台北：台北巿文獻委員會）【與曹永和合著】。
1986b 〈台灣領有論與琉球─福澤諭吉外政論的一個考察〉，《島尻勝太郎、嘉手納宗德、渡口真清三先生古稀記念論集•球陽論叢》（沖繩：沖繩ひるぎ社）。
1989
《台灣對話錄》（台北：自立晚報文化出版部）【與若林正丈合著】。
1990 《台灣近代史研究》（台北：稻鄉出版社）。
1991
〈第七章 日本人的佔領〉，《先民的足跡：古地圖話台灣滄桑史》（台北：南天書局）。
1992a 《台灣民報社論》（台北：稻鄉出版社）。【與吳瑞雲合編】
1992b 《日本觀察─一個台灣的視野》（台北：稻禾出版社）。
1993a 〈台灣人の夢と二二八事件〉，《岩波講座 近代日本と植民地》（東京：岩波書店）。
1993b 〈反省台灣的歷史意識〉，《建立台灣的國民國家》（台北：前衛出版社）。
1993c 〈台灣近代國家的形成〉，《建立台灣的國民國家》（台北：前衛出版社）。
1993d 〈漢人的鄉貫意識與族群認同〉，《建立台灣的國民國家》（台北：前衛出版社）。
1994a 〈台灣史の成立とその課題〉，《アジアから考える》(東京：東京大學出版會)。
1994b 〈社會科：歷史〉，吳密察、江文瑜編《體檢國小教科書》，前衛出版社。
1995a 〈導讀：「攻台見聞」的時代性與史料價值〉，《攻台見聞》（台北：遠流出版社）。
1995b 〈導讀：「攻台戰紀」與台灣攻防戰〉，《攻台戰紀》（台北：遠流出版社）。
1995c 〈日本近代私文書與台灣史近代史研究〉，張炎憲、陳美蓉、黎中光編《台灣史與台灣史料（二）》，吳三連台灣史料中心。
1998 〈台大藏「伊能文庫」及其內容〉，國立台灣大學圖書館編《伊能嘉矩與台灣研究特展專刊》（台北：國立台灣大學圖書館）。
1999a 〈乙未之役的新史料──日本東洋文庫藏《臺島劫灰》〉，李永熾教授六秩華誕祝壽論文集編集委員會編《李永熾教授六秩華誕祝壽論文集編集委員會•東亞近代思想與社會》（台北：月旦出版社）。
1999b 〈乙未之役中的劉永福〉，鄭欽仁教授榮退紀念論文集編集委員會編《鄭欽仁教授榮退紀念論文集》（台北：稻鄉出版社）。
2001a 〈馬偕傳教時期的臺灣政情與社會〉，許功明編《馬偕博士收藏臺灣原住民文物特展圖錄》（台北：順益原住民博物館）。
2001b 〈Ino Kanori, Japanese ethnography
and the idea of the “trib”, edited by David Faure, In Search of the Hunters and Their Tribes: Studies in the History and
Culture of the Taiwan Indigenous People , Taipei, Shung Ye Museum of
Formosan Aborigines
2002a 〈第四章 臺灣〉，松丸道雄、池田溫、斯波義信、神田信夫、濱下武志編著《世界歷史大系 中國史5》（東京：山川出版社）。【與若林正丈合著】
2002b 〈『民俗臺灣』發刊の時代背景とその性質〉，藤井省三、黃英哲、垂水千惠編著《臺灣の「大東亞戰爭」》（東京：東京大學出版會）。
2002c 〈臺灣民主國始末〉，李淑惠、李子寧、吳佰祿編《黃虎旗的故事：臺灣民主國文物圖錄》（台北：臺灣歷史博物館籌備處）。
2004
《臺灣史料集成提要》（台北：行政院文化建設委員會）【與翁佳音、李文良、林欣宜合著】。
2005 〈植民地大學とその戰後〉，吳密察、黃英哲、垂水千惠編著《記憶する臺灣：帝國との相克》（東京：東京大學出版會）。
D.技術報告及其它
1979 〈鄭氏研究關係文獻〉，《鄭成功全傳》(台北：台灣史蹟研究會)。
1981 〈日本植民地研究的展開〉，《食貨》第11卷第8-9期
【翻譯】。
1982a 〈臨時台灣舊慣調查會的成果〉，《台灣風物》第32卷第1期
【翻譯】。
1982b
〈中國地方劇的發展構造〉，《民俗曲芸》第11-14期。【翻譯】
1988 〈解題〉，《台灣治績志》（東京：青史社）。
1990
〈善化「紅毛井」及慶安宮之史蹟價值評估〉，內政部民政司。
1991 〈東アジア史構築を期待する〉，高崎宗司編《歷史教科書と國際理解》，岩波書店。
1993 〈日本的台灣殖民統治與外國顧問──以Kirkwood為例〉，國科會計畫編號NSC-82-0301-H-002-004。
1997a 《國立台灣大學藏伊能文庫目錄》，國立台灣大學。
1997b 《台灣史檔案•文書目錄（三）國立台灣大學藏伊能文庫目錄》，國立台灣大學。
1997c 《台灣史檔案•文書目錄（十一）日本公藏台灣關係檔案目錄》，國立台灣大學。
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