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●著作與相關研究● 　　
1. ＜士林の古碑＞，《民俗台灣》1(6)：20-22，1941a。
2. ＜士林の傳說＞，《民俗台灣》1(6)：24-25，1941b。
3. ＜士林寺廟志＞，《民俗台灣》1(6)：36-41，1941c。
4. ＜士林聽書＞，《民俗台灣》1(6)：44-45，1941d。
5. ＜士林的傳說＞，《台灣風物》1(1)：10-11，1951。
6. 與賴永祥合編，＜有關台灣西文史科目錄搞＞，《台灣風物》2(5、6、7、8/9)：2-5、19-21、17-18、22-24，1952。
7. ＜明代台灣漁業誌略＞，《臺灣銀行季刊》6(1)：169-175，1952；又收於《台灣經濟史初集》，31-37，臺北：台銀經研室（1954年9月）。
8. ＜鄭氏時代之台灣墾殖＞，《臺灣銀行季刊》6(1)：192-207，1954a；又收於《台灣經濟史初集》，70-85，臺北：台銀經研室（1954年9月）。
9. ＜荷蘭與西班牙佔據時期的台灣＞，《臺灣文化論集》，105-122，1954b。
10. ＜士林古碑＞，《台灣風物》4(5)：29-36，1954c。
11. ＜明代台灣漁業誌略補說＞，《臺灣銀行季刊》7(4)：232-263，1955；又收於《台灣經濟史四集》，16-47，臺北：台銀經研室（1956年6月）。
12. 藪內清(著)、曹永和(譯)，＜糧船＞，收於《天公開物之研究》，193-212，1956a。
13. “Incunabula in the National Taiwan University Library,”《中國圖書館學會會報》7﹔1-4，1956b。 14. 岩生成一(輯)、周學普(譯)、賴永祥、曹永和(合校)，＜十七世紀台灣英國貿易史料＞，研叢57，臺北：台銀經研室，1959。
15. 曹永和譯文考證，《台灣番事務產與商務》，95-121，文叢46，臺北：台銀經研室，1960a。
16. ＜台灣水災史＞，《臺灣銀行季刊》11(2)：154-193，1960b；又收於《台灣經濟史九集》，16-25，臺北：台銀經研室（1963年4月）。
17. ＜從荷蘭文獻談鄭成功之研究＞，《台灣文獻》12(1)：1-14，1961。
18. ＜鄭成功之通商貿易＞，收於鄭氏宗親會編，《鄭成功復台三百週年紀念專輯》，78-79，1962a。
19. ＜歐洲古地圖上之台灣＞，《台北文獻》1：1-66，1962b。
20. “Chinese Overseas Trade in the Late Ming Period,” International Association of Historians of Asia 2nd Biennial Conference, Taipei, Oct. 6-9, 1962. Proceedings, pp.429-458，1962c。
21. ＜早期台灣的開發與經營＞，《台北文獻》1：1-66，1962d。
22. “Pepper Trade in East Asia.” International Conference on Asian History, University of Hong Kong, Aug.30-Sept.5, 1964: Toung Pa. 68(4/5): 221-247，1964。
23. “The Acceptance of Western Civilization in China: A Brief Observation in the Case of Taiwan, with Special Emphasis on Its Inter-relation in the Settlement of Chinese in Taiwan.” Paper for International Symposium on East Countries” Acceptance of Western Culture, Tokyo. Oct.3-7, 1966; East Asian Cultural Studies 6(1-4), March, 1967, pp.52-72，1966。
24. ＜中華民族的擴展與台灣的開發＞，收於台北市文獻委員會(編)，《中原文化與台灣》，297-312，1971。
25. ＜台大圖書館所藏最早西洋刊本—1479年刊博物志＞，《圖書館學刊》2：121-125，1972a。
26. “Taiwan as an Entrepot in East Asia in the Seventeenth Century.” Paper for Conference on Taiwan in Chinese History, Asilomar, California, Sept.24-29, 1972，1972b。
27. ＜清季在台灣之自強運動──沈葆楨之政績＞，《中華文化復興月刊》8(12)：17-24，1975。
28. ＜荷蘭時期台灣開發史略＞，《台灣文獻》26(4)、27(1)合刊：213-223，1976。
29. ＜台灣荷據時代研究的回顧和展望＞，《台灣風物》28(1)：18-39，1978。
30. 《台灣早期歷史研究》，臺北：聯經出版事業公司，1979。
31. ＜明鄭時期以前之台灣＞，收於《台灣史論叢》第一輯，39-98，臺北：眾文圖書公司，1980a。
32. 與黃富三(合編)， 《台灣史論叢》第一輯，臺北：眾文圖書公司，420頁，1980b。
33. ＜海洋中國──海洋史話＞，收於《中國全集》第五冊，143-251，臺北：錦繡出版社，1982。
34. 陳荊和(主校編)、曹永和等(協編校)，《校合本大越史記全書》（上、中、下），東洋學文獻叢刊42、44、47。東京：東京大學東洋文化研究所，1984-1986。
35. ＜試論明太祖的海洋交通政策＞，收於《中國海洋發展史論文集》，41-70，台北：中央研究院三民主義研究所，1984。
36. 《台灣早期歷史研究的回顧與展望》，《思與言》23(1)：3-17，1985a。
37. ＜簡介台灣開發史資料──荷蘭東印度公司檔案＞，發表於聯合報文化基金會國學文獻館主辦，「台灣地區開闢史料學術座談會」論文，1985b。
38. ＜明末華人在爪哇萬丹的活動＞，收於《中國海洋發展史論文集（二）》，219-247，台北：中央研究院三民主義研究所，1986a。
39. De Dagregisters van het kasteel Zeelandia, Taiwan 1629-1662. Deel I: 1629-1641. door J.L. Blusse, ‘s-Gravenhage, 1986. XXI, 548p. (Rijks Geschiekundige Publicatien. Grote Serie. 195)，1956b。
40. ＜關於琉球程順則與其所刊刻「指南廣義」＞，收於《中國城外漢籍國際學術會議論文集》，263-306，台北：聯合報國學文獻館，1987。
41. ＜環シナ海域交流史における台灣と日本＞，收於箭內健次(編)，《鎖國日本國際交流》卷上，613-639 ，東京：吉川弘文館，1988a。
42. ＜有關日本長崎華商「泰益號」文書與台灣商界的關係＞，《史聯雜誌》13：1-15，1988b。
43. ＜明洪武朝的中琉關係＞，收於《中國海洋發展史論文集（三）》，283-312，台北：中央研究院三民主義研究所，1988c。
44. ＜簡介維也納國立圖書館所藏荷蘭時代台灣古地圖＞，「台灣大學創校六十週年紀念台灣史研討會」論文，1988年12月4日，1988d。
45. ＜日本兼併琉球與台灣＞＜中日文提要＞，收於《琉中歷史關係論文集》，327-329，那霸：琉中歷史關係國際學術會議實行委員會，1989a。
46. ＜澎湖之紅毛城與天啟明城＞，收於《澎湖開拓史：西台古堡建堡暨媽宮城建成一百週年學術研討會實錄》，133-154，澎湖：澎湖縣立文化中心，1989b。
47. ＜華人在石垣島發展之事例＞，收於《中華文化在琉球歷史文物考察紀要》，181-185，台北：中琉文化經濟協會，1989c。
48. ＜台灣史研究的另一途徑──「台灣島史」概念＞，《台灣史田野研究通訊》15：7-9，1990。
49. ＜東シナ海域交易圈について──台灣からの視點＞（基調講演），《世界　中の東アジア海域》，九州國際大學、東北財經大學、華僑大學共同立催，1992年7月14日於北九州市，6-17，1992。
50. ＜台灣史的研究＞，《國立清華大學台灣研究通訊》1：20-23，1993a。
51. ＜荷蘭時期台灣史料介紹＞，收於張炎憲、陳美蓉合編，《台灣史與台灣史料》，1-21，台北：自立晚報文化出版部，1993b。
52. ＜東アジアの冊封＝朝貢體制　沖繩＞，收於《沖繩文化の源流を探る──環太平洋地域の中の沖繩》，174-179，那霸，1994a。
53. ＜琉球的朝貢貿易與東亞海域交易圈＞，福建省社會科學院、福建師範大學、泉州海外交通史博物館、華僑大學合辦，「第五屆中琉歷史關係學術研討會」論文，1994年11月，1994b。
54. ＜小琉球原住民的消失：重拾失落台灣歷史之一頁＞，收於潘英海、詹素娟編，《平埔研究論文集》，413-444，台北：中央研究院台灣史研究所籌備處，1995a。
55. ＜英國東印度公司與台灣鄭氏政權＞，中央研究院中山人文社會科學研究所主辦之「第六屆中國海洋發展史研討會」論文，1995年3月30日- 4月1日，1995b。
56. “Tea Industry and Trade of Taiwan: Late Nineteenth to Early Twentieth Century,” Paper for the Workshop “Fukien and Taiwan in the Nineteenth and Twentieth Centuries, Contracts and Contrasts.” Leiden University, July, 5-8, 1995. 1995c。
57. The English Factory in Taiwan, 1670-1685. ed. By Chang Hsiu-jung, Anthony Farrington, Huang Fu-san, Ts’ao Yung-ho, Wu Mi-tsa. Taipei, National Taiwan University, 1995 XVI, 808p，1995d。
58. “The English East India Company and the Cheng regime on Taiwan,” in The English Factory in Taiwan, 1670-1685. Introduction, 1995, pp. 1-19. 1995e。
59. De Dagregisters van het kasteel Zeelandia, Taiwan 1629-1662. Deel II: 1641-1648. Uitgegeven door J.L. Blusse, W. E. Milde en Ts’ao Yung-ho’ met medewerking van N.C. Everts. Den Haag. Institute voor Nederlandse Geschiedenis, 1995. XXIV, 693p.Rijks Geschiedkundige Publicatien. Grote Serie. 229. 1995f。
60. De Dagregisters van het kasteel Zeelandia, Taiwan 1629-1662. Deel III: 1648-1655. Uitgegeven door J.L. Blusse, W. E. Milde en Ts’ao Yung-ho’Den Hwag. Institute voor Nederlandse Geschiedenis, 1996. XXII 670pp. 1996。
61. “Taiwan as an Entrepot in East Asia in the Seventeenth Century”, Itineravio, Vol. XXI (1997), No. 3. (Leiden, 1998), pp. 94-114. 1997a。
62. ＜英國東印度公司與台灣鄭氏政權＞，《中國海洋發展史論文集（六）》，中央研究院三民主義研究所，1997年3月，389-405，1997b。
63. ＜從鄭和下西洋來看明成祖的海外政策＞，「第七屆中國海洋發展史國際研討會」論文，中央研究院中山人文社會科學研究所，1997年5月1至3日，1997c。
64. ＜簡介維也納國立圖書館所藏荷蘭時代台灣古地圖＞，《台灣史料研究》9：133-154，1997d。
65. “Shih Lang failed to become Cheng Chig-lung II”, International Convention of Asia Scholars, Panel 2: Contracts and Conflicts, Changing Trading Relations between the VOC, Japan and China during the Seventeenth and Eighteenth Centuries. (Leeuwenhorst, 25 June, 1998)，1998a。
66. 陳宗仁、陳俐甫合譯，＜十七世紀作為東亞轉運站的台灣＞，《台灣風物》48(3)：91-116，1998b。
67. ＜多族群的台灣島史＞，《歷史月刊》129：93-95，1998c。
68. “Ryukyu in the East Asian Seas; Rise and Fall as an Entrepot,” International Workshop on Maritime China and the Overseas Chinese in Transition, 1750-1850, National University of Singapore, 25-27 November, 1999。
69. ＜十七、十八世紀海外華人慘案初探＞，發表於「中研院社科所主辦，第八屆中國海洋發展史學術研討會」，2000年3月30至31日，2000a。
70. 《台灣早期歷史研究續集》，台北：聯經岀版事業公司，2000b。
71. 《中國海洋史論集》，台北：聯經岀版事業公司，2000c。
72. ＜明洪武朝的中琉關係再論＞，「第八屆琉中歷史關係國際學術會議」，那霸2000年11月3至5日，2000d。
73. De Dagregisters van het kasteel Zeelandia, Taiwan 1629-1662. Deel IV: 1656-1662. (Den Hwag. Institute voor Nederlandse Geschiedenis, 2000)，2000e。
74. From Prohibition to the Open-door in Maritime Trade Policy under Emperor K’ang –his in 1684，Hong Kong University, 19-21 July, 2001. 2001a。
75. ＜澎湖在海洋發展史上的地位（專題演講）＞，《澎湖學研究第一屆學術研討會》2001年9月5至7日，2001b。
76. ＜十七世紀東亞海域的台灣島＞，《荷蘭時期台灣圖像國際研討會──從時間到空間的歷史詮釋一》，國立台灣歷史博物館籌備處，2001年10月13至14日，2001c。
77. ＜大航海時代與台灣＞，《荷蘭統治下的台灣座談會》國使館台灣文獻館、台南市政府合辦，2002年8月26日，2002a。
78. ＜海洋與島嶼──思考台灣島史（專題演講）＞，《眺望海洋的蘭陽平原「宜蘭研究」第四屆學術研討會論文集》，黃于玲編，宜蘭：宜蘭縣文化局，2002b。